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注册公司申请小规模纳税人的步骤如下。
1、工商营业执照原件和复印件，如果经营者有无字号名称的，需要携带经营者本人的身份证和户口本前往办理，准备好资料后前往工商所申请名称预先核准。
2、领取相关文件后，准备相关材料去税务局办理税务登记，包括工商营业执照副本原件和复印件、法定代表人身份证原件和复印件等，登记后领取税务登记副本和发票领购簿原件，需要注意的是，个体户在办理税务登记时无需提交纳税人的组织机构代码证原件或复印件。
3、办理税务登记后，携带所有资料去银行办理开立银行账户业务，并签订第三方协议以便今后从该账户扣缴税款，向税务局申请领取发票的票种和发票数量等，至此小规模纳税人申请注册公司流程完成。
具体的流程和所需材料可能因地区不同而有差异，建议咨询当地相关部门获取准确信息。